Pada tanggal 15 Juli 1985 Kepala SMAN 1 Magelang yaitu Bapak Drs. Wahono ditugasi oleh pemerintah untuk membuka SMAN 3 magelang dengan menempati gedung bekas SPGN Magelang. Gedung SMAN 3 yang beralamat di Jl. Medang No. 17 ini ditinggalkan SPGN karena SPGN menempati gedung baru di Jl. Senopati Magelang.
Pada tahun 1985 status gedung SMAN 3 Magelang masih dianggap milik KODIM, oleh karena itu pihak SMA N 3 Magelang diwajibkan menyewa kepada pihak KODIM. Namun pada tahun 1990 status tersebut menjadi milik SMA N 3 Magelang.
Jumlah siswa pada awal tahun pelajaran 1985 / 1986 adalah 131 yang terbagi menjadi 3 kelas, Bapak Achmad Soetrisno sebagai wakil Kepala SMAN 3 Magelang. Jumlah tenaga gurupun masih sangat terbatas yaitu 7 gutu yang kesemuanya masih berstatus GTT (Drs. Umar Yunoto, Drs. Rustam Bambang, Drs. Sugiyanto, Drs. Sulistyo Pribadi, Dra. B. Rimbawati, Drs. V Naryoso dan Pudyastuti) serta dibantu 5 guru dari SMA N 1 Magelang.
Kepala Sekolah SMAN 3 Magelang
- Bapak Abdul Manab (1986 s/d 1989)
- Ibu Christiana Sumidah (1990 s/d 2003)
- Bp. Drs. Hadi Sutomo ( sementara )
- Bp. Drs. Herman Pramono (2004 s/d 2009)
- Bp. Drs. Sucahyo Wibiwo (2009 s/d 2013)
- Bp. Joko Tri Haryanto, S.Pd (2013 s/d 2022)
- Bp. Drs. Rohmat Chozin, M ag. (2022 s/d sekarang)